随后几日，倭寇选择一边围城，一边洗劫周边村镇。
虽然时不时发动对府城的偷袭，但都被守城明军发现并击退。
见此情形，翁时器、毕高和奚世亮等人自然也放松了警惕，眼下形势大好，只需要等待援军即可驱逐倭寇。
此时，收到倭寇攻击兴化府城的消息后，福建巡抚游震得想到前两日收到闽粤总督翁张臬发来的公文，知道总督大人已经派遣刘显率兵救援兴化府，自然也没有惊慌，只是派人给刘显送去公文，让他加快行军速度，尽快抵达兴化府解围。
在接到张臬送来的公文后，他已经向沿途府县发去公文，自然是告知刘显大军的行进路线，让沿途官府提供粮草供给。
只是，不管是张臬还是游震得，都高估了刘显此刻身边的人马数量，而兴化府城派出的哨探也低估了此次倭寇人马。
按照兴化府求救公文所书，倭寇逾两千人攻城，而此时刘显率领前往兴化府之兵不过七百人。
在路上，刘显就收到张臬和游震得发来的公文，让他对兴化府周围倭寇的情况有个大致了解。
兴化府城已经被围，他想率兵进城以无可能。
自己身边的几百人和倭寇的两千多人，简单对比就知道，他不能直扑兴化府，且因为泉州瘟疫，刘显不得不率兵绕道而行。
当刘显率部进抵距离兴化府城四十里的迎仙寨后，刘显部就迎面遇上大量从兴化府逃难出来的百姓。
看到官军，百姓自然急忙求援。
刘显面对这些逃难的百姓，听闻他们述说倭寇暴行和村中惨状，却是选择暂时驻扎修整，同时开始招募兵士，补充兵力的不足。
只是，他不知道的是，在逃难的人群中，亦有大量倭寇的奸细。
倭寇，其实绝大部分都是明人，真倭数量不多。
此时，这些明人倭寇扮作逃难百姓，对于刘显来说，自然无法分辨真伪。
而他驻留迎仙寨招募士卒，自然让倭寇明白其兵马的虚实，人马不足。
实际上，此次犯兴化府的倭寇是兵分两路，一路目标自然是想洗劫兴化府，伺机夺取府城，有倭寇六千余人，是此次倭寇的主力，而另一路目标则是福清，想在此阻挡明军福州方向派出的救援。
倭寇也知道兴化府南边的泉州府正在闹瘟疫，自然避之不及，相应的，明军也绝不会从这个方向赶来支援。
此时刘显发出的招募军卒的命令，让倭寇稍安之下，也让倭寇派遣许多奸细借此机会混入刘显军中，而这一切都是刘显没有防备的。
这些人混入刘显军中后，只承担刺探军情的任务，由此刘显军中详情就被倭寇完全侦知。
而此时兴化府城内的副使翁时器也收到了刘显大军近在迟尺的消息，急忙发文催促刘显部救援府城。
刘显接到公文后，因兵力不足只得先派出两百人前往兴化府城支援，顺道刺探倭寇虚实。
只是，这路援兵刚刚离营，消息就被倭寇奸细察觉。
倭寇在半道设伏，几乎全歼这股明军，仅数十人逃回迎仙寨。
面对倭寇的强势，刘显更加不敢轻举妄动，只得一边招募、训练军卒，一边发文书召集周边人马，希望尽快壮大手中力量，再救援兴化府。
不过刘显也深知明朝文官的尿性，担心副使翁时器以此弹劾，所以派出八名军卒带文书传信翁时器，述说实际情况，希望借此让他们稍安勿躁，只需安心等待救援即可。
只是，这八名信使在途中被倭寇尽数击杀，文书也被倭寇劫走。
正是他们携带的文书，被倭寇用作破城利器。
十一月二十九日，八名明军制服的军士出现在兴化城北门外，声称自己是刘显将军派出的信使。
翁时器带领奚世亮和府通判李邦光查验公文无误后，便叫人将他们缒城而上。
奚世亮和李邦光虽然都觉得这些士兵形迹可疑，请求翁时器暂时扣押他们，不过此时翁时器正因为刘显部兵微将寡不敢来援而气恼，怒斥奚世亮、李邦光二人胆小，又安排这几名士卒加入到北门守城士兵中，补充城防兵力不足。
而这一切，正中倭寇奸计。
当夜，几名倭寇奸细就杀死身旁的其他明军士卒，引倭寇在北门城墙上架云梯入城后，快速攻占北城门，当城门洞开之时，兴化府陷落已成必然。
数千倭寇入城之后，很快就击溃救援明军，副使翁时器、参将毕高和通判李邦光得闻府城失陷后，越城而逃。
占领兴化府城后，倭寇烧杀抢掠，府城百姓哀鸿遍野。
刘显接到哨探回报后，只得匆忙提兵救援兴化府，但他们赶到的时候依旧迟了，府城已经被倭寇击破，但此时刘显兵力不足，难以攻城，只得接应城中逃出官员、百姓后无耐退守。
兴化府城被破之后，倭寇屠戮百姓，“贼分守城门，吏民无得脱者”，将“全城焚毁殆尽”，“历六十余日，贼以城中腥秽不堪，乃趋平海”。
署知府奚世亮，莆田知县叶时兰，县学训导卢尧左，指挥张远，鲁师亮，千户张应望皆被倭寇击杀，进士死十七人，举人数十人，秀才数百人，平民百姓不计其数，仅是林兆恩收埋全尸就有三千余人，火化更是达到两万余人。
兴化府新任知府易道潭“闻积尸盈野，竟驻车福清，不敢位任”，直到林兆恩收尸洒道，才敢入城。
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