中俄双方在黑龙江上游展激战的时候，在南京的商毅也把精力都放到了平定辽东地区的叛乱事务上来。因为在东北战场上，商毅对中华军的战斗力，以及童大勇的指挥能力是相当放心的，而且中华军的兵力，是俄军的二三倍，因此东北边境的战争，其实根本就不需要商毅担心。
当然商毅虽然关注辽东的叛乱，但和内阁的担扰并不一样，因为商毅从来就沒有认为，在辽东地区的叛乱，会动摇帝国的统治基础，那怕是使清廷复避也都是不可能。只要中华军的大军一到，反叛的势力就会被立刻被平定下来。因此商毅也并不是对辽东叛乱担心，而是担心这次叛乱对辽东地区造成的破坏。
在穿越之前，商毅所接受的历史教育中，对于中国古代的农民起义，一般都是做比较正面评价，当然从反抗暴政、反抗压迫的角度来说，农民起义也确实具有一定的合理性和进步性，如果一个民族在面对暴政、压迫，都不敢反抗，那么这个民族也确实没有前途了，毕竟中国农民其实是世界最老实的人，如果不是把他们逼得走头无路了，是不会使用暴力反抗的。当然一般来说农民起义的领头者，大多都不是真正的农民，但主体都是由农民组成的。
但另一点也是不可否认的，就是无论是在什么时候，农民起义对社会生产、经济造成的破坏相当严重，而在后世的历史教育中，往往都有意避开这一点。尽管说野史流传的黄巢杀人八百万、张献忠屠尽四川等等有相当的夸张成份，但这也说明，农民起义确实对社会造成相当大的破坏，这也就是为什么农民起义往往声势浩大，但能够成事的，却寥寥无几的原因。
当然这一次辽东地区发生的叛乱，并不能算是农民起义，免强只能算是民族反抗，但对社会生产、经济造成的破坏性，和农民起义是一样的，甚致还会更大，因为这里面还夹入了不少民族主义的成份。
清廷在入关之前，在辽东统治了二十余年，虽然一直都在压制汉族人，但对辽东地区的社会生产发展，由其是农业发展，还是起了相当大的作用，当然在南北战争的时候，由余要支付庞大的军费，清廷也对辽东地区增收了许多重税，对社会生产造成了一定的影响，但也并不大。
而在中华军进军东北的时候，在辽东战场上的战争时间并不长，也沒有发生过大规模的战斗，因此辽东地区的生产也沒有受到多大的破坏，在战事结束之后，辽东又回归到汉族的中央政权，社会生产也很快得以恢复。同时帝国在辽东地区大力打压满族、扶植汉族，剥夺了满族贵族占有的土地，分配给汉族人，也调动了不少汉族人的积极性，因此在两年之后，辽东地区的生产不仅完全恢复，而且还有了一定的发展。
辽东地区是中国东北部的重要地区，商毅当然不希望辽东地区遭到严重的破坏，因此也希望辽东的叛乱能移尽快的平定下来。而且就声势来说，这次叛乱也确实不小，就在内阁制定了内外方略之后的几天，就连续收到辽宁省发到南京的报告，又有七八个地方的村落发生了叛乱。一时之间，整个辽宁省，包括吉林省的一部份地区，叛乱的村镇己经超过了二十个。反判的主体当然是满人，也有相当一部份是原来的汉军八旗。
其实新帝国建立之后，虽然对满人进行了一些打压，但并不是压迫，只是取消了满人的种特权，基本的生活还是可以保证劰，但由于前后的反差实在太大，因此也让满人心里产生了极大的不平衡，当然如果是在中国的其他朝代，大多数人估计也就釆取了隐忍，毕竟明白一点的人都知道，这样的反叛是根本就不可能取得成功的。
但现在的满人还保持着渔猎游牧民族的悍勇尚武性格，人人都善于骑射战斗，而不是后世只会提笼溜鸟的八旗孑弟，但头脑相对简单，并不会去多想什么后果，多数都是你不让我好过，我也不让你好过的想法，而且辽东地区本来就是满人比较集中的地区，结果有了一个带头的，也就会立刻有不少人响应。
不过反叛发生的虽然很广泛，表面上也很浩大，但绝大多数都是集中在乡村地区，能够攻占城镇的寥寥无几。这一方面是因为在辽东地区定居的多数还是汉族人，他们都不愿随满人反叛，就是在满人当中，也有相当一部份人不愿反叛，因此就是被强迫加入叛军，也会千方百计的想要逃跑。结果经常是在起事的时候会聚集不少人，但过不了两天就会逃亡大半，或带出去溜一圈，也散走了许多。
而另一方面，辽东地区的基层官员大多都是中华军退役的老兵，不乏中下级的军官，他们都上过战场，见过大场面，又有丰富的战争经验，在叛军进攻的时候也不会惊慌害怕，相反会极积组织指挥地方军队进行抵抗，甚致向叛乱者发动进攻，在这场叛乱中也发挥了很大的作用。虽然地方军队的战斗力肯定无法与中华军相比，但一群由狮孑率领的绵羊是可以战胜一群由绵羊带领的狮子，更何况地方军队并不是绵羊，而叛军也不是狮孑。在这样的情况下，各路反叛的队伍也很难攻占城镇。
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