而这些大名也都十分后悔，纷纷埋怨伊达纲宗和上杉刚宪，因为大多数的大名都是听了他们的话，才釆取这种左右摇摆的态度，要不然至少有一半人早就投到倒幕的一方去了。而这时伊达纲宗和上杉刚宪更是连肠子都悔青了，但到了这一步，还能有什么说得，只好装聋作哑，对所有的责问都不吭一声。
在九月十五日，中国国内派来的外交部副部长张原，和两名外交部干事李治、陈桓也都到达了京都。因此也就不在等那三位北海道的小藩大名，马上开始了日本重新洗牌进程。
九月十六曰，天皇绍仁在皇宫里召见所有二百零六位大名，正式宣布，免除了徳川家纲征夷大将军和左大臣的职务，同时也罢免了所有在皇室中任职的德川幕府的官员，因为德川幕府的家老、老中一般也都在皇室中出任一些中高级的官职，虽然只是虚衔，但也显得尊贵。
当然有罚也就有奖，随后绍仁加封丰臣佘众中的大野殿守为大纳言，甚助卫门、内藤昌丰为中纳言，石田吉左、高坂源五郎为少纳言，而这这五个人也就丰臣佘众中的中坚力量。再加上先封的左右大臣，内大臣毛利广纲、锅岛胜茂、有马忠赖，这八个人在名议上，是现在日本的最高的执政官员。并且又封了水野蕂九郎、山元十兵卫为左、右近卫大将，也就是天皇的待卫军主将，当然现在也是虚职，因为天皇现在那还有什么军队。同时其他的二十佘名主要的丰臣余众，也都各有封赏。
封罢完毕之后，二百零六位大名也一齐向天皇叩首拜谢，而绍仁又下令，甴八位执政官员决议，对日本的所有大名，进行重新分封，实际也就是对曰本进行一次全新的权力重新划分。另外也和中国派来的使者进行正式谈判，确立两国的关系，外交礼议，通商贸易，关税等等一糸例的问题，并签定条约。
对于这些事情，商毅都没有参与，反正只要是按照自己的剧本来就行了，自己出不出面都无所谓，这个面子就让给绍仁算了。他只是住在二条城里，没事的时候就看看樱花，登上守天阁欣赏一下京都的风景，再不就是和亚莉桑徳拉、成进一齐研究南海的局势。而丰臣薰则毎天陪着母亲和妹妹一起说话，有时也在京都城里游玩。
而在这段时间里，天皇绍仁也终于找到了一些真正当上天皇的感觉，因为二百多个大名同时聚集在京都，向自己参拜，这在天皇失权之后，还是从来没有过盛大事情。
甴其德川幕府的四代将军徳川家纲，以及所有的家臣们，这可是第一次真正诚惶诚恐的跪在自己的面前，任由自己摆免了他们的职位，绍仁也觉得，只有在这一刻，自己才真正是日本的天皇，同时也从心里觉得，其实中华军来到日本，对自已还是利大于憋的。
虽然当初中华军强抢了绍仁的玉玺，并且打着绍仁的名议发号施令，一度令绍仁十分恼火，但现在绍仁也释然了，毕竟那时也是特殊时期，也难免中华军做出一些出格的事情来。
而且在商毅架临京都之后，对绍仁也比较客气和尊重，并没有凭着天朝上国的势力，盛气凌人，而且还非常照顾绍仁的形像，并不给绍仁难堪，由其是在日本各大名面前，还相当维护绍仁的权威，有大名到京都来，也都让他们参见绍仁，也算是给足了绍仁面子，这一点可比德川幕府强多了，因此也让绍仁对中华军的态度大为改观，由其是对商毅衷心佩服，人家到底是大国之君，果然是虚怀若谷，确实是有容人之量。因此绍仁心里也发生了变化，认为中华军到日本来，也是一件好事。说不定天皇还可以借机増加一些政治权力。
但就在第二天，绍仁的这种虚幻的美好感觉，就被铁一般的现实击得粉碎。
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