就这样，责任推干净了，替罪羊也选好了，董事们也就可以高枕无忧了。只可怜还没有上任的费尔勃格，这时也只能硬着头皮，带领着军队赶去台湾。
驻守台湾的第三分舰队到琉球群岛击败日本海军之后，又在琉球群岛驻守了一段时间，才返回台湾。因此这时台湾的中华军虽然包围了赤嵌城和热兰遮城，但只能阻隔两城的陆路，无法切断两城的出海口和海路联系，而荷兰舰队也乘着这个空子，在台江港登陆，将费尔勃格和荷兰军队留在台湾，然后立刻扬帆转舵，驶离了台湾，连一夜都没有留。
就在荷兰舰队刚刚离开，第三分舰队就回到了台湾，立刻赶到台南来参战，双方就是前后脚的功夫，如果荷兰舰队晚走一天，结果还真不好说。
第三分舰队一到台南，立刻就向台江湾里驻守台湾的荷兰舰队发动进攻，这时荷兰在台湾只有四艘主力战舰，分别是赫克托号、斯?格拉弗兰号、白鹭号、玛利亚号，前两艘为六百吨级，后两艘为三百吨级。其实都是商船。
在此同时，沈寿崇、沈寿峣也率军出击，从岸上攻击荷兰的炮台。而荷兰人刚刚得到援军，也出城迎战，费尔勃格下令上尉贝德尔和阿尔多普，各领四百士兵，分从两路迎战中华军。双方在海陆两路，均展开激战。
但无论是海路还是陆路，双方的兵力相差都十分悬殊。
在海路区区四艘荷兰战船迎战第三分舰队的十五战船，而且其中还包括一艘二级战列舰，五艘三级巡洋舰，结果战斗只用了半个多小时就结束了。
四艘荷兰战船中，赫克托号在战斗一开始就遭到了中华军三艘巡洋舰的围攻，连中数十炮，被打得遍体鳞伤，只用了十几分钟就被击沉；而玛利亚号连中了一百多发火箭，转眼就被熊熊烈火吞灭了。其余二艘见势不妙，都想逃跑，但斯?格拉弗兰号被五艘中华军的战船追击，迫近，靠陇，伏波军的士兵跳上敌船，和荷兰人展开了接舷战，最终斯?格拉弗兰号被中华军俘虏；而白鹭号见打不过，也逃不掉，只好扯起白旗投降。荷兰海军就这样全军覆沒，而海军司令官范德兰也在战斗中身亡。
而在陆上的战斗也同样是一边倒，两路荷兰军队都遭到了两三部于自己的中华军攻击。因为双方都是使用的燧发枪，射程也都差不多，因此也都釆用横列线形战术，进行互相对射。
但中华军在人数上占优，而且火帽打火的成功率也要高于荷兰兵使用的火枪，结果在互相对射了十几轮之后，荷兰军终于坚持不住，败退下去。中华军乘胜追击，将荷兰军杀得大败，伤亡二百多名士兵，上尉贝德尔也死于混战之中。另一位上尉阿尔多普带领着残兵，败回了热兰遮城。而中华军乘势占领了城外的炮台。
新旧两位台湾大员长官费尔勃格、欧沃德也只好下令，全力守卫两城，等待援军。这时荷兰在台湾共有兵力一千四百多人，另外还有五百多土著兵，而荷兰士兵的家属等也有一千多人，土著家属有一千五百多人，费尔勃格命令将所有士兵和土著的家属都迁移到热兰遮城里居住，又命上尉瓦连京带领四百荷兰士兵，二百土著守卫赤嵌城，其余士兵守卫热兰遮城。
驻守台湾的中华军早就开始围攻这两座城堡，但由于缺少重型火炮，因为围困两城达一个半月，但都无法攻破。第三分舰队回来之后，本打算从船上撤一些舰炮下来攻城，但就在这时，十七军和第四分舰队也己经到达了台湾。
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