三天以后，周世奇正式向商毅提出辞呈，以自己年老力竭,不能胜任职位为由,请求辞去内阁首辅的职位，虽然经过商毅的再三挽留劝告，但周世奇的去意己决，因此最后商毅终于还是收下了周世奇的辞呈,准许周世奇辞职。
随后商毅下令，由王夫之接替周世奇，出任内阁首辅；李岩出任内阁次辅，并兼任统战部部长，李格非则上升到內阁第三位；另选财政部部长孙和京入阁，协同理事，为第四位内阁成员；调湖北高官堵胤锡到南京，出任统战部副部长，并入阁协同理事。为第五位内阁成员；调浙江高官周少卿到南京，接任财政部长。同时再增设一个统筹培训部，付责培训行政管理人员，并且也付责在以后占领新的地区，建立行政机构的筹备计划工作，由从内阁首辅职位上退下来的周世奇出任统筹培训部部长。
这一系列的职位调度，都是由商毅直接下令，不过并末引起多大的争议。因为在原来的内阁里，王夫之本来就是内阁次辅，首辅辞职，次辅顶上，其他人再依次跟进，都是顺理成章的事情。
财政部也就是过去的户部，六部之中名列第二，是一个相当重要的位置，当然也是最容易出错和犯错的位置，孙和京在这个位置上干了四五年，一直都是兢兢业业，无论是业务还是个人操守，都没有出过一点问题，因此晋升入阁理事，也在情理之中。
而堵胤锡属于南京政府的新晋力量，他投靠商毅还不到两年的时间，不过他在湖北的任职期间，政绩也绰有成效，不仅把湖北的经济、农业都搞得有声有色，而且在湖北军区的建立，也出了不少力。加上他又精通兵务，因此被选入内阁，同时出任统战部副部长，这也意味着南京政府在明年有可能会进行一些大规模的军事行动了。另一方面他是原明官员的身份，也是他入阁的一大助力，这也是南京政府向天下宣示，不拘一格选举人材，也可以增加对其他的明朝官员的吸引力。
其实这几年周少卿在地方上的政绩有目共睹，按说早就可以调回南京入阁，但老爹一直占着内阁首辅的位蛊，为了避嫌，只能让他受点委屈，众人也知道他确实有点冤。现在周世奇辞职，也为他调入南京辅平了道路。这次虽然没能入阁，但却是各部门中重要的财政部。上一任的财政部长不就刚选入阁了吗？这就是一个十分明显的暗示了。因此周少卿入阁，也是迟早的事情。
新増设的统筹培训部，一方面是为了未来战事和夺取天下的需要，在夺取了新的地盘之后，确实需要大量的行政人员。这也进一步表示，商毅己经开始进入筹备北伐的模式。不过这也有可能是一个临时性质的部门，因为一但商毅夺取了天下之后，这个部门也就失去存在的价值了，因此也是可以看做是对周世奇的安慰，虽然他辞去了内阁首辅，但仍然还是在行政的核心部门里工作，并没有失去商毅的信任。
不过尽管如此，但这一来周家的权势仍然下降了近半，而南京政府的内部，又形成了新的平衡局面。
机构调整完毕之后，商毅又连继下达了两道命令，一是由李格非全权付责，和英国东印度公司进行谈判，签定双方的商务协议。第二条是在南京政府内部进行一次整顿行动，对各级官员进行思想教肓，以上一次周元舟、刘原引等四起案件为教训，加强自身的警觉性，抵制不良作气的诱引。同时也对所有官员的能力、业绩进行一次调查，更换一批不合格的官员。提拔有能力、干实事的官员。
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