而中华军也迅速在马尼拉城里展开队伍,一面追击西班牙士兵,一面逐步逐步占领马尼拉城。
这时整个马尼拉城里己是一遍大乱，到处都是枪声、爆炸声，西班牙士兵，土著兵、马尼拉城里的居民都像没头的苍蝇一样，在城里四处乱跑，因为谁也没有想到，号称固若金汤的马尼拉城竟然只用了两天的时间，就被中华军给攻破了，确切的说，中华军开始正式的攻城，实际只用了一天的时间。因此谁都沒有做好逃跑撤离的准备，而现在中华军攻入马尼拉城之后，这才都着了慌，有些人赶忙七手八脚的收拾东西，也有人干脆什厶都不拿，冲出了家门，寻路逃跑，结果互相推挤践踏，还有一些人被误杀。当然也有少数人趁火打劫，闷声发财。
马尼拉城的城市规模本来就不大，不一会儿查孔就带人退到城市中心的十字路处，菲律宾总督府和奥古斯丁大教堂在这里各占一个尖角。这时在查孔身边聚集了两百多名西班牙士兵，而且邦班牙部的酋长阿诺基三世也带着一百多名护卫队，和他们汇合在一起。
而几经颠波之后，昏迷的大主教也终于酲来，几个人立刻聚在一起商议，下一步该怎么办，阿诺基三世建议，马尼拉城是守不住了，因此不如先退到邦班牙部去，然后再另想其他的办法。
事到如今也沒有其他的路可走了，因此查孔和弗朗西斯科也只好决定，先到邦班牙部去暂躲一时，然后再做打算。
就在这时，从斜刺里忽然杀出一支中华军，一下子将他们的队伍给冲乱了，弗朗西斯科和阿诺基三世在一起，赶忙向另一个城方的方向逃去，而查孔却被这支中华军给挡住，杀不出去，被打得退进了总督府里拒守。但这时中华军己经基本控制住马尼拉城，于是将总督府给团团围住。
查孔抵挡了一会，也知道现在大势已去，因此只好举手投降。而这时大主教却在阿诺基三世的保护下，终于从马尼拉城里逃了出去，到邦班牙部去暂时躲避。
到下午三时左右，马尼拉城里的战斗基本结束，中华军己经完全控制了马尼拉城，商毅接到消息之后，才带领着众人进驻马尼拉城，这座像征着西班牙在马尼拉的殖民统治的城市，也正式迎来了他的新主人。
这时中华军的士兵正在清理着城市里的尸体和血迹，搜查有没有漏网的西班牙人，并且查封库房，等着有人束清点。不过总督府己经率先清理出来，做为中华军在马尼拉的临时指挥部，商毅和中华军的主要将领都入住到总督里，阿科尼亚住进了对面的奥古斯了大教堂里。而张庚秋等其他主要的华人成员住进总督府傍边的基他房屋里。因为现在马尼拉的居民己经全部都被抓捕起来，集中关押，所有的房屋也都空置了下来。
到了晚上，战果也统计出来，这一战中华军只阵亡了一百八十七名士兵，另有二百一十三人受伤，而打死了西班牙士兵五百七十五人，待从兵三百二十七人，土著兵两千三百四十六人，城中居民死亡六百六十九人，其中有一百三十二人是西班牙人。俘虏西班牙士兵四百三十三人，其中军官有十二人，包括总督查孔和摩莱尔上校。待从兵二百八十二人，土著兵一千二百七十五人。城中居民二千八百五十二人，包括西班牙一千二百四十四人。另外还有传教士五十七人。但在死亡人员和俘虏中，并没有发现大主教弗朗西科。
另外还缴获火枪四百余支，火炮五门，刀枪武器等三千余件，还有二十六匹安达卢西亚马。粮食约有两千余石不过在马尼拉城中搜找出来大量的金银，不过种类繁多，各国的金银币，金锭银锭也有，而且居然还发现数百枚中华宝币。
将金铱全部测算成重量之后，黄金有八万四千八百余两，白银有一百一十七万五千余两，另外还发现了不少贵重物品，粗略估算，大约价值中华宝币三百万圆左右。而其中居然有四分之一的钱财，是在奥古斯丁大教堂里发现的，这还不算教堂里装饰的金银制品，看来马尼拉的洋和尚也属于先富起来的那一批人。
商毅也不禁大为高兴，虽然说在攻下圣地亚哥堡之后，夺到了十几艘战船，造船厂，都价值不菲，但这些并非真金白银，而在搜找到这批钱财之后，这一次海外作战，又是一次赚得盆满钵满的战斗。回去以后，对内阁也有交待了。而且西班牙人在菲律宾地区殖民八十余年的积累财富，果然不是一个小数字啊。可惜这就是家门口的风水宝地，在另一时空里的中国，居然拱手让给了他人。
正当商毅因为又大赚一笔而高兴的时候，阿科尼亚从奥古斯丁教堂过来求见。
这时已经是深夜十点多钟的时间，将阿科尼亚让到客厅里坐下之后，商毅才笑道：“神父，这么晚了，来找我有事吗？”
阿科尼亚的神情有一些尴尬，道：“我来是想向陛下询问，对于抓住的那些修道士，陛下打算怎样处置他们。”
商毅道：“神父，我以前就说得很清楚了，如果是无辜的人，我绝不会胡乱杀戮，但如果是煽动、组织、参加了这次大屠杀的人，我决不会轻侥，例如马尼拉的大主教弗朗西斯科，我可以明确的告神父，这个人被我抓住，结局决对是被处死，其他的人则根据他罪行，给予处罚。不过我会组织一个调查会，对这些修道士在这次大屠杀中的行为进行详细调查，不会冤枉一个人，也不会放过一个人。当然如果神父不放心，你也可以加入这个调查会。”
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