于是商毅连日都招集各军军长，招开军事会议，商议下一步的进军计划，最后制定出一个先南后北、抢西占东的顺序计划。
从现在这五省地区的局势来看，江南最西边的湖南省基本属于真空地带，商家军的人马一到，即可占取，而只有江西有金声桓和觉罗巴哈纳的清军，但这支清军并沒有放在商毅的眼里，如果他们安守在江西，也许还会让商家军废一点力气，但居然主动向南京进攻过来，那可就不用客气了，正好可以给他们一个迎头痛击，等击败了这支清军之后，就可以乘胜进军，收取整个江西省了。
而在江北的湖北、安徵、江苏三省清军虽然也留驻了一定的兵力，但人数并不多，而且要防御的地区太广，因此战线拉得太长，正好给了商毅逐个击破的机会。同时现在商家军在湖北地区的基础犹在，第六军仍然还有一定的战斗力，对于收取整个湖北地区，还是能够提供一定的帮助。
因此在军事会议上，商毅也决定，首先杨武丞的第三军沿长江西进，立刻去抢占湖南地区，得下湖南地区之后，就地驻守，防止四川、贵州、广西三地；然后又调罗远斌的第二军全部过江，马上南进，迎击清军的觉罗巴哈纳和金声桓部，然后乘胜进军，进取江西省，并驻守浙南、江西一带。
商毅对这两路人马的要求是一定要占领湖南、江西全境，不得漏掉一块地方，如果有人敢来和商家军争抢地方，不管是谁的人马，都要毫不客气的给以迎头痛击，直管朝死里下手，打越重越疼越好，不过打击范围不要超过湖南、江西以外，把对手打跑就行了。
因为现在南方分布着桂王永历政权，唐王绍武政权、觉罗巴哈纳和金声桓部清军、尚可喜部清军等四股主要的势力，也都希望扩大自己的地盘，眼看着这几块大肥肉再眼前，谁不想咬两口。但商毅辛辛苦苦打败了清军，收复了南京，就绝不许别人来摘现成的果子，虽然一直以来，商毅对南明政权保持着表面上的恭敬，但在这个时候可一定不能手软，因此各部队在军事上不要有负担，担该翻脸就翻脸，该出手就出手，绝不手软，政治层面的事情甴自己来兜着。
有了商毅这句话，罗远斌和杨武丞也大为放心，也高高兴兴接令，率军出击。
而在江北战场，首先也从湖北开始，甴段鹏带领第七军渡江，到黄州府地区，与李定国的第六军余部汇合，首先攻取黄州府全境，然后进攻武昌，进而收复湖北全境。
第七军在收复南京的战役中担任预备军，但因为战事进行得十分顺利，结果没有第七军出场的机会，虽然说也明白这是战斗的需要，但第七军上下多少也都有些情绪，由其军长段鹏，其实才是个不到二十岁的大孩子，看到其他部队都立下了各种战功，心里更是不舒服，因此商毅也把进攻湖北的任务交给他们。但是以李定国为主。
虽然打湖北的影响力比南京小，但第六军现在元气大伤了，主要还是看第七军的，因此段鹏也十分高兴的接过了这个任务，对于以李定国为主，段鹏并没有意见，一是李定国的资历确宾比他高，而且两人在江淮战役时就合作过，段鹏对李定国的能力还是十分敬服的。
其他各军都分派到了任务，第一军则分为两部份，一份留守江南，保卫南京和杭州，另一部份接替第二军，驻守江北的扬州，并牵制江淮的清军，等其他各路人马都获胜之后，再向江淮进军，夺取安徽省和江苏省的北部地区。
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