先岛群岛虽然离台湾的海路不足一百里，但却是属于琉球群岛的最边缘地带。而这时的琉球王国早己经沦为曰本萨摩藩的傀儡政权，因此商家军在石桓岛和西表岛建立了海军基地的消息，也很快就传到了萨摩藩所在的日本鹿儿岛。
这个时候萨摩藩在曰本战国末期的几位风云人物岛津胜久、岛津贵久、岛津义久、岛津义弘、岛津忠桓等人都己作古，现任的藩主是岛津忠桓的次男岛津光久，现年三十岁，是在三年前继任萨摩藩大名。
现在琉球王国是萨摩藩财政收入的主要来源。萨摩藩也视琉球群岛为自己的私人禁地，不许他人插手，那怕是边缘地区，也不例外。因此岛津光久得知明军在石桓岛和西表岛上建立海军基地之后，也大吃一惊。第一反应就是这一定和郑芝龙有关，因为在岛津光久的映像中，明朝只有郑芝龙有船队在海上活动。
萨摩藩和郑芝龙到还有一些生意来往，因此岛津光久在立刻派出弟弟岛津忠朗为使者，前进西表岛，向驻守那里的明军提出交涉，并要求明军立刻撤离先岛群岛地区。
那知岛津忠朗到了西表岛之后，发现驻守在这里的其实是西班牙军，也不禁大为震惊，因为他们只带了中文通译，而西表岛也没有日语翻译，只有两个会一些中文的传教士，结果双方沟通十分麻烦，必须先译成中文，再分别译成西班牙语和曰语，但日本的翻译和传教士对中文的理解上，又有很大的差别，结果说了半天，双方都没有完全弄明白对方的话。
只是有几件事件，岛津忠朗总算是弄清楚了，占领西表岛的明军与郑芝龙并无关系，这支西班牙军是受雇于一个叫商毅的明朝候爵的私军，但岛津忠朗也不知道这个商毅是何许人也。而西班牙军的主将莫亚的理解是，对方也想占领西表岛，但晚了一步，因此要求自己离开，好把这个岛让给他们。这下双方当然谈不好，莫亚的态度越来越强硬，而岛津忠朗则认为对方是蛮不讲理，结果自然是不欢而散。
岛津忠朗回到琉球之后，仔细一打听才知道，这个商毅是海上的一股新兴势力，好像和荷兰人打过一仗，还占领了台湾。等他回去向岛津光久报告之后，岛津光久也百思不得其解，有心派人到明朝去面见明朝的皇帝，但一来太耗时间，也不知那里去找门路，岛津光久毕竟也是一藩之主，当然知道那一个国家的官场这趟水不好走，商毅既然敢公然侵占先岛诸岛，一定是有所倚仗，就是找到明朝的皇帝，也未必能让明军撤离，当然萨摩藩以武力胁迫控制琉球王国的事实，则被岛津光久直接无视掉了。
因此岛津光久最终还是决定，还是用武力来解决。以这近百年来明朝的态度看，对海外并不感兴趣，马尼拉的华人被大屠杀后，明朝没有理，而萨摩藩侵占琉球王国之后明朝也没有理。因此这次自己用武力夺回西表岛和石恒岛，估计明朝还是不会理。
不过现在的萨摩藩可不是当初关原之战时的曰本强藩，封地被徳川幕府削减了大半，精兵强将也损失大半，而且又缺乏水军的力晕，岛津光久又下令征集船只，组织军队，结果花了几个月的时间，才总算是征集齐了六十余艘大小船只，军队六千余人，由岛津忠朗出任主将、并率领伊势贞行、平田宗兴、桦山久平等家臣大将，收复西表岛和石垣岛。
不过在这几个月的筹备时间，岛津光久也打听到一些先岛明军的情况，他们的总兵力约为两千左右，还要分守两个岛，而战船也不足二十艘，因此以自己这样的兵力，夺回这两个岛还是绰绰有余的。而岛津忠朗也是信心十足，带领着船队出发。
萨摩船队首先停靠琉球，以琉球王朝的都城首里为后方基地，然后刀向先岛诸岛进攻过来。而岛津忠朗派家臣桦山久平为先，率领三十艘战船，攻领先岛诸岛东北的宫古岛，为前方基地。
桦山久平是萨摩藩的名将桦山久义之后，而桦山久义正是帮助萨摩藩控制琉球的主要功臣，桦山久平也很以自己先祖为豪，只是他出生之后，曰本己统一在德川幕府的旗下，萨摩藩也无力与德川将军相抗争，因此只有老老实实做了顺民，承平日久，武士也无建功立业的机会。因此桦山久平也己经感叹自己晚生了几十年，没有赶上那个叱咤风云的大时代。
而现在总算是有了出战的机会，因此桦山久平也兴奋异常，决心在这次战斗中一定要立下武勋，也为桦山家增加荣耀。因此在攻占了平良岛之后，桦山久平也不顾主将还没有赶到，就留下少数兵力守卫平良岛，自己带领着大队船队，向石垣、西表两岛进攻过来。
萨摩船队到平良岛之后，立刻被西表、石垣二岛上的西班牙军发现，两名西班牙军官莫亚和阿尔维斯经过商议之后，决定率领船队主动出击，先给萨摩船队一个迎头痛击，同时也派人向浙江报急，也派人到台湾，请驻守台湾的沈寿岳派兵来支援。
正好这时桦山久平也率领着舰队向石垣岛进发，双方在先岛诸岛中部的水纳岛海域遭遇，展开激战。
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