因此多铎和洪承畴商议决定，放弃淮西的所有地方，立刻撤军，尽快退回到淮北去，然后再作打算。随后多铎立刻下令撤军。一行人马放弃所有辎重，连夜从滁州撤退，向寿州进发。而退守庐州的左梦庚得知清军要撤军，也不敢在庐州久留，赶忙跟着清军一起撤退。
幸好在丢失了凤阳之后，耿继茂和石延柱一直固守在寿州，这才算是保住了清军的最后一条归路，要不然多铎恐怕就会扔在淮西了。虽然在沿路上也遭到了商家军的几次袭击，但大队人马总算也是有惊无险撤过了淮河，回到淮北，几名主将也都沒有损失，只是而多铎手下的人马只剩下五万多人，既使是加上其他各路人马的残兵，总计也不过七八万人了。而左梦庚也追随着清军，率军渡河，这时他的手下到是还有十万多人马。
想想自己由关中出兵南下时可是二十万大军，而渡淮南进时，也有十八万人马，浩浩荡荡、威风不可一世，而且当时也是意气风发，想着一举扫淸江淮、横渡长江、攻破南京，立不世之功。但现在居然只剩下区区七八万残兵败将，其中满八旗军的伤亡竟达一万八千余人，虽然收降了左梦庚的十万多人马，但显然是不能抵消清军的损失，因此多铎也不禁是又羞又愧，一气之下吐血数口，病倒在床上。
而另一位正在养病的忠顺王孔有徳这时也得到了确切的消息，自己唯一的儿孑孔玔廷被商家军坐了飞机，死无全尸，其实孔有徳对这个结果还是有思想准备的，但他从其他渠道得知，在战场上多铎明明是有机会可以救孔训廷的，但却任由孔训廷被商家军残杀，也使孔有徳又悔又气，加上病体沉重，结果沒过两天，就一命呜呼了。
直到这个时侯，这一次江淮之战才全部结束，以商家军为主力的明朝一方取得了全面的胜利。这一次战役从四月初开始，一直到五月下旬结束，前后一共进行了五十余天，战场北起淮河，南到长江，东至运河，西抵大别山，方圆近三万多平方公里的广扩土地，先后进行了二十余次大小战斗。
这清军前后一共投入了二十三万人马，而商家军前后投入了五万六千多兵力，另外还有明军一万五千余人。双方的差距达到了三到四倍。但商家军充分发挥技术上的优势，凭借着凶猛的火力和先进的战术思想，先后一共歼灭淸军七万二千余人，俘虏四万余人，投诚一万三千余人，其中淸廷的肃郡王豪格、忠顺王孔有徳、固山额真叶克舒也都先后因这一场战役而死亡。终于取得了一场辉煌的战利。
另外商家军还缴获了淸军的战马八千余匹，驴骡五千余匹，车一千二百余辆，白银二十五万六千俩，黄金二万三千余两，丝绸布匹四千五百余匹，粮食六万三千石，马料三万七千石，帐蓬五千二百多套。火炮二百余门、火铳三千余枝，火药六万余斤。其他锣鼓刀枪旗帜盔甲达三十余万件。收获也算是相当丰富了。
不过商家军自身也阵亡了七千六百八十三名士兵，另有三百七十三人受伤至残，因此也必须退伍，再加上伤员，总减员也达到了万人以上。占全军人马的五分之一左右。而明军先后阵亡了八千七百余人。
最终的战果是，商家军将清军基本赶到了淮北，不仅收复了淮西的所有土地，而且也保住了南京和江南地区不受清军的侵犯，并使南京朝廷能够继续延续下去。
而就在这时，南京朝廷也派出了使臣，来到扬州，向史可法和商毅传旨，同时还有一封吴甡的私信。
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