商毅率领人马刚刚出发，连续收到五份吴甡发给自己的催促檄令，其中在第二天竟连续收到三份，都是叫他尽快赶到南京。
原来吴甡到达南京之后，得到得全是坏消息，浙江叛乱的范围越扩越大，不仅是绍兴府和杭州府、就连嘉兴府、湖州府、严州府、宁波府都以经失守，叛军以经攻占了围绕着杭州湾的所有地区。同时也在分兵两路,一路进攻广徳州，打通进攻南京的通道，另一路进攻苏州府，想彻底攻占长江以南的地区。
而且这时凤阳总督马士英也向南京告急，说河南永城的守将刘超叛乱，请求吴甡立刻调兵平乱。
永城属在河南省地界，在归徳府东南，与凤阳府的交界处，刘超的叛乱，将直接危胁到凤阳府的安危。凤阳府不仅是南京北面的门户，大明的中都，而且是老朱家的老家，可是明朝的龙兴之地，这里不仅有朱元璋父母的皇陵，还有朱元璋少年出身当和尚时的龙兴寺，对大明朝有十分特殊的意义。
在崇祯八年（1635年），凤阳就被农民军攻破过，当时整个凤阳城都被焚之一炉，农民军还将朱元璋父母的皇陵毀坏。结果不仅是凤阳巡抚杨一鹏、巡按吴振缨、守陵太监杨泽等大小官员共一十七人被杀，还累得崇祯下诏罪己。
这可都是前车之鉴，因此吴甡可不敢怠慢，立刻命黄得功带本部人马，立刻渡江，归马士英统领，平定永城之叛，同时又命刘良佐率军进驻河南真阳，保护黄得功的侧翼。但这一番安排也使吴甡手下的兵马减少大半，只能命马科率一万人马进驻广徳府，抵挡叛军的进攻，其余的人马守卫南京，再也无力去救援苏州了。因此也只能催促商毅快到南京。
虽然史可法建议，是否调先左良玉军来保卫南京，但被吴甡断然拒绝，一来是左良玉靠不住，二来他也清楚商毅和左良玉之间的过节，两人再弄到一块，万一又打起了怎么办呢？同时吴甡也坚信，只要商毅的人马一到，平定叛乱就易如反掌了。那怕暂时丢了苏州也不用怕。
史可法没有督师湖广的战斗，对吴甡这么看重商毅颇有些不以为然，但论公吴甡是督师南直隶，而史可法只是南京兵部尚书，从理论上来说，商毅、左良玉、黄得功、刘良佐、马科都受吴甡的节制，史可法管不着，而论私，吴甡比史可法大，过去还是史可法的上司，因此史可法也只能听之任之。
本来商毅是打算跟着船只缓缓而行，接到吴甡的催檄之后，也只好加快进度，因为想在浙江立足，在一开始还是要得到吴甡的支持，而且在浙江的局面也确实很紧了。于是商毅命令周少桓和罗远斌两人守护着船队，继续慢行，自己带着三团和骑军营放弃辎重，率先赶到南京，去给吴甡壮胆。并且又命段鹏带一个侦察连，立刻改扮为平民样子，潜入浙江內部去打探消息。
分配之后，商毅带着成进、成钢、杨武丞等人出发，一路急赶，于九月十三日到达南京。
南京古称金陵，襟江带河，依山傍水，钟山龙蟠，石头虎踞，山川秀美，古迹众多，素有“六朝古都”之称，是一座历史名城，而且明朝的官话并不是后世的北京普通话，而是南京话。
由于职业习惯，在进城的时候，商毅留意观察一下南京的城防结构，南京城门素有内十三、外十八之说，内十三是指原来在城墙上依次所开的十三座城门，都与市内大街贯连，街道纵横交织，主次分明，井然有条。
但由于南京城墙依地势而建，位于东郊的皇宫紫禁城就离钟山太近，于军事防守十分不利,因为弥补和加强南京京城防卫，在洪武二十三年(1390年)，朱元璋又下令利用应天府城外围黄土丘陵,建造60多公里长外围土城,这座外城呈菱形，西边外郭城垣未合围，留下南北两豁口分别延伸至长江边。共计又开出十八个城门，此即为一般所说南京“外城门十八”。不过在商毅穿越之前的那个时空里，南京的这座外城早已被毁，但人们仍然使用这些城门名称来作为当地的地名。
南京城是依水而建的，只有东南两面为陆地，北有玄武湖，西有秦淮河，都可做南京的屏障，而且在南京的地外，除四周山川的天然屏障外，还修建了六座卫城。又经历数代的修健之后，防御结构设计得很合理。整座城市还分为内城、外城两部分，一但外城失守，守军还可以退入内城，继续抵抗敌人的进攻。
外城有长墙围护，城墙高大，普遍都在四丈以上，十分坚固，外围城墙宽达五丈，可容多骑并排而驰，不仅可以放置床弩、投石器、火炮一类的大型城防武器，而且分为上下两层，守军在下层，弓弩手在上层。既使敌人攻上城墙，也可以由下层的守将迎战，弓箭手可以在上层从容利用城墙上的掩护，与敌军周旋。而城楼更加宏大，高达六丈，可以府视全城，一览无余。用固若金汤来形容，一点也不为过。
不过商毅也知道，无论是在明清，还是近代的历史上，南京依托坚城防守成功的例子并不多，甚致几乎可以说是没有，无论是南明、太平天国，还有国民政府，其实都没有守住南京，因为当敌军攻到南京城下的时候，基本上都以经大势以去了，可见城防的强弱，并不是战争的决定性因素。
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