蓬巴尔还以颜色，游说约瑟夫一世，告之耶稣会正在巴拉圭秘密地煽动另一次叛变，不仅阴谋反抗内阁，而且正在阴谋反抗葡萄牙国王。1757年9月19日，国王发布一道命令，将耶稣会为皇室家族听告解的神父驱逐于宫廷之外。蓬巴尔授意其堂兄弟阿尔马达·弗朗西斯科，当时任葡萄牙驻梵蒂冈公使，募集资金以促进并供应在罗马的反耶稣会团体。10月，阿尔马达致送教皇本尼狄克特十四世一封控告耶稣会士的信，说：“在盲目地希求使他们自己成为政府的统治者的梦幻中，他们牺牲了所有基督教的、宗教的、自然的和政治的义务，而且，耶稣会被一种希求获得并积存外国财富、甚至篡取君王们的统治权的无餍的奢欲怂动。”1758年4月1日，教皇命令萨尔达尼亚红衣主教里斯本教区的教长，调查这些控告案件。5月15日，萨尔达尼亚发布一道敕令，宣称葡萄牙的耶稣会士违反所有的宗教法和世俗法进行商业交易。他命令他们停止交易。6月7日，可能由于蓬巴尔的敦促，他命令他们解除听告解和布道的工作。7月，里斯本耶稣会士的最高长官被逐出宫廷120英里外。同时（1758年5月3日），教皇本尼狄克特十四世去世。他的继任者，克莱门特十三世并没有完全沿用前任的态度，而是任命了另一个审问团，该团报告说：在蓬巴尔对耶稣会士所提的控告案件中，他们是无罪的。约瑟夫一世是否将会支持其大臣以攻击耶稣会士，令人产生一些怀疑。但是一些事件的戏剧性转变，迫使国王完全倾向于蓬巴尔这边。1758年9月3日晚上，可能是约瑟夫一世正从一次秘密约会中（靠近贝伦，与年轻的塔沃拉侯爵夫人）返回皇宫，快到午夜时分，三个蒙面人从一个导水沟渠的拱桥中出现，而且射击马车，但是没有奏效。御车的车夫驾起马车飞驰，但过了一会儿，另一支伏兵又射来两弹，一次射伤马车夫，另一次射伤了国王的右肩和手臂。根据随后的一次法庭审问报告，第三支伏兵出于塔沃拉族人，他们远远地在通往贝伦的大路上等待这辆马车。但是约瑟夫命令他的车夫驶离大道而驾到皇室的外科医生家里，国王的御医为其包扎伤口。这些凑在一起的事件使整个欧洲起了大骚动，但假使第三支伏兵在其暗杀行动中成功的话，情况将可能大大地改观。
蓬巴尔把巧妙的筹划付诸行动。这次袭击的谣传被官方正式否认，并宣布国王的卧病是由于跌倒。三个月来他的密探们收集各种证据。一个人被找出来，他作证说安东尼奥·弗雷拉于8月3日从他那里借去一支毛瑟枪，而9月8日才归还。另外一人根据报道，说弗雷拉于9月3日向他借去一把手枪而于数天之后归还。这两个证人都说弗雷拉受雇于阿维耶若公爵。在贝伦的一个仆人萨尔瓦多·杜朗作证说，在袭击国王的当天晚上，他在阿维耶若公爵家里执行被分派的室外工作时，偷听到阿维耶若家族的一些族人刚结束一次夜间大行动归来。
蓬巴尔以谨慎和大胆的态度准备他的讼案。他舍弃法律规定的程序，若依据该程序，这些贵族嫌犯将由他们贵族组成的法庭来审判，这种法庭将永不会判他们的罪。相反，此次犯罪行为首次揭露于公众后，国王于12月9日发布两道命令：一道命令任命佩德罗·贡萨尔维·佩雷拉博士为法官，以主持这一“高度叛国行为特别刑庭”；另一道是命令他去发掘、逮捕并处决对此次暗杀国王的企图负有罪责的那些人。佩雷拉被授予超越所有循例的法律程序的权力，而且该法庭被授命于宣判罪名之日即为处决犯人之时。在国王颁布的这些敕令之外，蓬巴尔附加一个**，贴遍整个里斯本城，陈述9月3日发生的事件，并悬赏任何能提供证据以逮捕暗杀犯的那些人。
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