政治加上宗教的双重不信任使得幕府对切支丹教的迫害日深。北九州由于是切支丹教徒的主要聚居地，更是受到了幕府的严密监控。
1628年幕府老中土井利胜、酒井忠世“巡视”肥前国岛原郡，揆一次便用火刑烧死切支丹教徒570人。
1630年，幕府下达了“禁教令”：切支丹教徒被勒令在两个月之内放弃信仰，否则处死。
在寺泽广高、松浦忠信、宗义成等切支丹大名的努力争取下，“禁教令”终于被停止实行。
但是三代将军德川家光在1633年再一次颁布“禁教令”并勒令切支丹教的主要维护者――肥前唐津24万石大名寺泽广高切腹，唐津藩随之遭到改易，由大和信贵山六万六千石大名松仓胜家入主寺泽领，开始了对切支丹教徒的残酷迫害。
1633年～1638年六年之间被松仓胜家烧死的切支丹教徒多达一万人。矛盾变得极度激化。
今年年底日本就会发生大规模的岛原之乱，西南诸藩的外样大名：萨摩、长洲等藩一直对幕府怀有敌意，一旦幕府无法及时的压制天草时贞四郎，那么原本在幕府残酷压制，心怀不满的的外样大名――特别是参加过关原之战的西军大名，很可能重新揭竿而起。
因为“葵三代”时期严酷的“武断政治”遭到改易的各家大名的众多浪人们也会随之呼应――这些浪人到家光去世的庆安四年（1651）人数已经膨胀到五十万。这会估计没这么多，但是二三十万人总是有的。
这批浪人既无收入，又被自己的武士身份所累。心中怀着怨恨，一旦有重燃战火，再取得功名利禄的机会，他们是不会放弃的。
这些都是日本祸乱的根源，而平户藩的异军突起，必然更添变数。
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