这种因地制宜的设置，在很长一段时间内，确实起到了积极作用，曾经十余万兵马全靠屯田，无需内地供养。然而好景不长，军屯的弊端一样在这里爆发，而且因为地处关外，更加无法无天。大量的屯田被世袭武将家族侵吞，卫所军民沦为农奴，无奈大批逃亡。以至于田地荒芜，屯田尽废，饷源枯竭，军备逐渐废驰，使蒙古人来去自如，完全丧失了对关内的屏障作用。
选定这里做战场，自然是看中了其本身就是军事地区，而且地广人稀，对民生的破坏程度最小。但也正因为地广人稀，必须要用骑兵来作战，作为土生土长辽东人的李成梁，实在是非他不可的人选。
沈默之所以一开始没用他，倒不是担心他不能胜任，而是担心他在关外不受控制的胡作非为，更加担心辽东的武将集团，会更加水泼不进、尾大不掉。但想要在辽东成事，就只能用辽人，这是没有办法的。
没有李成梁，辽东武将一样勾结成团，游离于朝廷的统治之外，还不如让一个自己人去当头儿，至少还能控制得住，至于后果，还是等先把辽东平了，除去大明真正的生死大敌再说吧。
对于李成梁姓格上的弱点，沈默可说是不厌其烦，常常去信予以劝导。反复督促他不要目无军纪，只想着立功，更不要滥杀无辜，激化民族矛盾。首辅对一个边将能如此耐心指点，实属罕见，李成梁一介武夫，怎能不甘愿效命？
上任辽东总兵后，面对着土蛮和朵颜的二十多万人马，他坐镇辽阳、临危不惧，积极修工事，选将校，招健儿，稳住了局势。但防守从来不是他的第一选择，站稳脚跟后，李成梁很快便转守为攻，于隆庆五年，夹击土蛮部于卓山，斩首千余级，立下了征战辽东第一功。
到了万历年间，他破敌之役更不可胜数。万历元年，朵颜部和土蛮汇合两万骑，南掠永平、沈阳，李成梁率火器营迎头痛击，歼敌千余。然后，他率军趁夜出塞，长途奔袭二百余里，直捣敌军进犯的营地——劈山营，又是斩首千级，此为劈山营大捷。
类似这样的夹击、奔袭，斩首几百到千余的胜利，从万历元年到三年间不可计数。辽东平原上烟尘滚滚，大明军旗所向，鞑虏望风披靡，只能远远躲开。昔曰明军被打得躲在城堡中不敢露头的局面，已是恍若隔世了。
有时候过于勇猛也不好，仅用三年时间便把鞑虏远远撵走，固然令李成梁名声大振，可是战功就不好着落了，没有战功如何为部下讨赏？要想欺负蒙古人，只有命部队长途奔袭，但那样的损耗太大，往往得不偿失。而且因为监军御史的存在，让李成梁想滥杀平民冒功，也变得不现实。
擅杀平民冒功，是大明军队流行了百年的恶行，到了李成梁这里，更是肆无忌惮。士兵们在战事结束后，成批杀害边境平民，割下脑袋，按蒙古习俗重新结成鞭子，冒充敌首。兵部人员论人头点数，其他不问。早在严嵩当政年间，边兵擅杀就是边民的一大害。沈默的恩师沈炼便曾沉痛咏诗道：‘割生献馘古来无，解道功成万骨枯。白草黄沙风雨夜，冤魂多少觅头颅！’
为了遏制这一丑恶现象，沈默命监军御史对战报负责，如有虚报、谎报，或者杀平民冒功的情况，则严惩不贷。与对文官的温柔手段不同，沈默治军十分严厉，在杀了几个当成耳旁风的家伙之后，监军御史们终于瞪起眼来，监视部队每一次作战。杀平民冒功的事情终于不再多见……所以最近一年多，李成梁几乎没有大的战功，虽然出击频繁，但每次斩首不过一二百人，至多二三百人，对已经习惯了李大帅战无不胜的朝廷、皇帝和民众来说，实在没什么可激动的。
然而在皇帝大婚之前，辽东方面六百里加急传来捷报：却说辽东巡抚张学颜与总兵李成粱探得情报，鞑虏欲趁明军庆祝皇帝大婚，防守松懈之际，长途袭掠抢劫牛羊。这二人遂将计就计，遂诱敌深入迂回包抄。最终在长定堡，将进犯的虏敌合围掩杀，大获全胜，自虏酋以下，斩得虏级两千余首，这是数年都未曾有过的大捷，不但国威大震，也将欢庆气氛推向了高潮。
当时捷报一到燕京，万历高兴极了，立即告谢郊庙，感谢天地和祖宗的保祐，同时吩咐内阁大行赏赍。慈圣太后也有懿旨给内阁，曰：‘赖天地祖宗默访，乃国家之庆，元辅平曰加意运筹，卿等同心协赞之所致也。’这种慨皇家以慷，给大家分福利的事情，诸位大学士自然积极响应。
然而为了谨慎起见，沈默没有马上照办，而是等到辽东巡按安道仁的报告，看到他的描述说，那曰大队人马，带了牛羊向边界猛地冲过来，口口声声说是投降。鞑靼人虽然平时很诚实，但在战场上的心眼却只多不少，诡计多得很。所以明军判断，这一定是诈降。担任长定堡守将的，正是李成梁的儿子李如松，这家伙比他老子还能打，但也更急功近利。看定以后，李如松一马当先，率领部下的将士，也是狂风一样地杀过去，象切菜一样猛杀一气，很快便全歼这伙劲敌。
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