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立时一个星期的斩首行动最终以中华帝国军获得胜利。倭国皇室和主要政府官员们被中华帝国军俘虏，使得倭国上下一片悲哀，不但整个国家指挥系统瘫痪，对整个大和族的士气更是沉重的打击，也加速了倭国的投降。
日军在东京部署了十五万正规军，以及几十万预备役和民兵，本来计划打一场大规模的东京保卫战的，但随着大正皇室和京都主要官员尽皆被俘的消息传出，日军上下顿时陷入混乱。尽管炽仁亲王称那是谣言，但是很快中华帝国空军将大正和山本权兵卫等战犯的照片刊登在报纸上，大肆宣传，并在东京上空散发传单，顿时重创了日军的士气。
在中华帝国军随后的三天猛烈攻击下，东京被夷为平地，在付出十万军队和三十万平民的巨大伤亡代价后，日军放弃东京，退到陪都长野。
四月五日，冯国璋在神奈川迫使日本大正天皇和山本权兵卫内阁签署了中日神奈川条约。条约规定，日本天皇降级为中华帝国附属国藩王，任何时间内消除所有欺骗和误导日本人民将踏上威胁中华帝国极其藩属国道路的权力机关和有影响力的人物，日本国王、首相的任命需同中华帝国协商，日本之主权必将限于本州、北海道、九州、四国及由中华帝国决定一些小岛屿内，日本军队将完全解除武装，仅保留维持治安的警察部队，不得拥有海军、空军等进攻性部队，严肃的司法机构将找出所有反华战犯，禁止一切反华言论。赔偿中华帝国战争费30亿龙币，以向中华帝国银行借款方式，以海关、财政收入作保，分期99年还清。日本佐世保、吴、横须贺等21处海军基地由中华帝国海军接管，中华帝国军有权在日本各地驻军等。
条约非常苛刻，基本上的目的是让日本一百年内无法翻身，接受中华帝国的统治。
大正和山本权兵卫没有任何办法，尤其是山本权兵卫等右翼分子，作为战犯，他们被判处100年至800年有期徒刑不等，剥夺政治权利终身。
冯国璋得到条约文件后，立即送交中华帝国皇帝王辰浩御批。
四月八日，王辰浩同内阁研究后，认为在对日问题上，冯国璋处理的非常得当，因此王辰浩批准了这个条约。
由于东京已经被夷为平地，中华帝国将大正国王和新成立的桂太郎内阁和议会迁往九州熊本，设熊本为倭国首都。
所有曾经支持对中华帝国作战或者敌视中华帝国的官员都别清除了，留下的倭国官员全部都宣誓效忠中华帝国。
由于王辰浩和国会认为对日战争的战略目的已经达到，没有必要在耗资打下去了，王辰浩早就发布的圣旨，不论成功与否，攻占东京后便要结束战争，皇命自然不可更改，因此中华帝国对日作战总司令冯国璋在跟大正和桂太郎签署了结束战争条约后，便停止了主要军事行动。
四月九日，在长野的有栖川宫炽仁亲王拒绝承认大正国王和桂太郎内阁同中华帝国签署的条约，称他们是日奸，大和族的败类。为了继续抵抗中华帝国，炽仁亲王宣布称帝，自称天皇，立长野为日本首都，继续战斗下去。
然而，剩下的日军大部分不想再战争下去了，除了打下去必死无疑外，天皇和整个政府官员们都被俘虏了，他们根本没有斗志。而且已经签署了结束战争的水神奈川条约，日本国民已经无力在帮助日军打下去了，渴望结束战争的人占了一大半。
因此，当炽仁自称天皇后，超过十万日军正规军、预备役和民兵哗变，逃往中华帝国军实际占领区。另外本州西南部、四国的日军和当地政府也纷纷向中华帝国效忠，归顺新成立的倭国桂太郎政府。
由于炽仁继续反抗中华帝国，因此总参谋部有借口在倭国保留三十万驻军，继续清剿日军残余抵抗力量。
不过，中华帝国国会的反战议员们很快想到了对付总参谋部的策略，他们在倭国建立皇协军制度，跟朝鲜皇协军一样，新的日本皇协军将用来对抗炽仁的残余抵抗军，用日本人打日本人，不消耗中华帝国军实力，反而会进一步削弱倭国的国力。
就这样，在中华帝国的操作下，在倭国建立了一支20万人的皇协军，专门作为中华帝国军用来对付炽仁反政府军的炮灰部队。
这种一箭数雕的策略得到了王辰浩的批准，于是总参谋部不得不取消在倭国驻军三十万的计划，但以倭国新定，人心不稳为由，还是保留了十万驻军。
不过，炽仁并非正统，若当天皇，也轮不到他，而是能久亲王。加之倭国国库全部被中华帝国军截获，炽仁的财政紧张，在跟中华帝国军和日本皇协军的对抗当中，屡战屡败。
很快，能久亲王和他的嫡系部下们反对炽仁天皇，于一个月后离开长野，一直撤到北海道，在北海道札幌自称天皇。
能久跟炽仁分裂后，进一步削弱了日军的抵抗力量，结果很快中华帝国军和日本皇协军攻陷长野，迫使炽仁率领他的部下转入大山当中，开始了漫长的游击战。
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