自来也不是没想过带三个弟子回村子，但是长门的轮回眼太过骇人，一旦被他人知晓，不知道会引起怎样的轩然大波。要知道这个时候，白眼、写轮眼都在木叶，如果再加上轮回眼，肯定会引起更大的波澜。而且团藏等人在后面兴风作浪，长门一旦到了木叶，会遭遇什么，自来也都不敢保证。所以自来也不惜花费了三年时间留在这里，传授忍术给三人，让三人足以自保。预言里说的很清楚，自来也只是引导者，而变革者的路要靠自己来完成，雨之国无疑是个很好的实验之地。
听到要与老师分别，三个弟子都哭了，自来也道，“好啦，别哭了，弥彦。会让人以为你是胆小鬼的！小南你会成为大美人的。等你们长大了，我们还会再见的。这个国家还很贫穷，今后你们要悲伤的事情，还多着呢！不过，下次要用你们的力量去改变这个国家。”自来也转身向前走，忽然停下来，“长门，你们都成长了，对吗？”长门泪流满面，“谢谢你，老师！”自来也自认为完成了引导者的责任，放下一直压在心中的石头，带着离别的伤感，返回了木叶。
自来也回到村子后，第二次忍界大战还在持续，战斗进一步升级。（第二次忍界大战到底打了多久，除了AB先生外，恐怕没人知道。）木叶三忍在战斗中屡立战功，三人的通灵兽，万蛇、蛤蟆文太、蛞蝓，也跟着名扬天下，一起变成了传说中的名号。一场大战结束后，敌人溃败了。纲手叹气，“这场战争要持续到什么时候啊！要怎样才能结束呢？”大蛇丸哼了一声，“不会有这种方法的！因恨生恨就是这个道理。”纲手不满，“你怎么这么说？”自来也道，“方法我不知道，但我一定要抓住和平！只要有这样坚信的人，我认为就有希望。”
这时，妙木山的传信蛙送来了卷轴，自来也看完后悲痛欲绝，纲手问起原委。自来也道，“那些孩子们死了。我怒力想做出正确的选择，我以为那是给予我的命运。并且相信自己做出了正确的选择，可是，也许我错了。”纲手安慰他，“你一定会找到的，只要有信念。”
自来也道，“是啊，我的道路还长着呢！”大蛇丸冷笑不止，觉得纲手和自来也很天真，忍者本来就是为战争而存在的，没有了战争，就不需要忍者了。在这之后不久，第二次忍界大战就以木叶的胜利而结束了，战争来得快，结束的也突然，其实是各国的财力、物力、人力都支撑不住，战争打不下去了。
似乎和平的曙光降临了，自来也在木叶村收了另外一个平民出身的普通的弟子，这个人就是波风水门，一个充满微笑，阳光一样的温柔男孩。水门拥有的天赋之高，超乎了想象，这让自来也非常满意，并把水门视为预言之子。
正如一位贤者所说，各个忍村都只有两件事在做，一个是发动战争，另外一个是准备战争，这就是所谓的战争与和平。随着三代风影的突然失踪，忍界的平衡再次被打乱，第三次忍界大战就此爆发了。这场战争同样非常惨烈，五大国均被卷入其中。
将持续长久的第三次忍界大战引向木叶胜利的，是自来也的弟子波风水门，这就是在三战中名震忍界的金色闪光。神无昆桥之战奠定了木叶的胜局，最后，木叶的金水组合击退云隐的AB组合，为第三次忍界大战画上了完美的句号。这场胜利同样来之不易，有无数的忍者倒在了战场上。
战争结束了，木叶三忍前往墓区祭奠亡者，那里到处都是牺牲的木叶忍者的墓碑。慰灵碑前，放满了白花。三忍心情沉痛，纲手难过，“好久，实在太久了！今后要做什么呢？”自来也道，“是啊，继续去旅行吧！也许在某地能够邂逅能够改变世界的弟子呢！”纲手道，“这就是你自来也的命运吗？”自来也道，“嗯，可以这么说吧！”大蛇丸道，“哼，你还真是多事。”自来也道，“你就不想将自己的忍道，让别人继承下去吗？”
大蛇丸道，“搜集研究这世界上的一切忍术，我的愿望，仅此而已。”纲手道，“就算你能精进忍术，可人的生命是有限的。”自来也道，“就是啊，你看猿飞老师，被誉为五影最强，精通木叶所有的忍术，可现在也逐渐老迈，不复昔日忍雄的风采。”大蛇丸道，“我可未必。”说完，大蛇丸就独自离去了。纲手选择了静音作为弟子，带着静音踏上了以赌博为生的旅程。自来也想在临走前，看看弟子水门。就连猿飞都说，一向不着调的自来也，收了个好徒弟。
某日，当上四代火影的波风水门一脸微笑，他正在翻看自来也的第一部小说，《坚强毅力忍传》。在这部小说中，自来也把之前遇到的砂隐傀儡师、草忍、泷忍、风魔忍、宗教领袖他们的言行都记录在里面，并跟主人公发生战斗和交流。
主人公说了这样的话，“那就让我来解开这个世界的诅咒！若世界上存在和平，我就一定要去抓住它！我绝不会放弃！”水门正看得入神，自来也闯进来，推了他一把，“哦，在读我写的《根性忍传》啊！不过这是我的**作，文笔还有些稚嫩。写的不是很好啦！”
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