这件刺杀案之所以震动朝野，除了遇刺人马新贻地位显赫（马新贻官居两江总督兼管通商事务及两淮盐务，统管江苏、江西、安徽三省富庶之地的军政大权，是大乾帝国最重要的封疆大吏之一），就是一介走卒竟能直入总督校场刺死朝廷重臣，难怪当时敬亲王接到奏报后吃惊地表示：“马新贻此事岂不甚奇？”此外就是此案审理过程错综复杂，经历了一年多的审讯，在魁玉毫无结果的初审之后，接连动用漕运总督张之万会同江宁将军魁玉，刑部尚书郑敦谨和新任两江总督曾伯函，进行了前后两番兴师动众的会审，结果却以“漏网发逆，复通浙江南田海盗等匪”之名草草结案。刺客虽被凌迟挖心处死，但案情并未水落石出，就连参加会审的马新贻部下孙衣言、袁保庆最后也拒绝在会审文书上签字画押。足见此案波诡云谲。
马新贻是山东菏泽人。韶光二十七年进士，历任建平、合肥等县知县、安庆府知府、庐州府知府、安徽按察使、安徽布政使、浙江巡抚、闽浙总督、两江总督兼通商事务大臣。显彤之际，长毛教匪乱起。马新贻初与教匪军作战，屡有战功，逐年升迁，显示其颇有军事才能。而他在浙苏两省的政绩则更为突出，如在浙江巡抚任上，他主持完成了浙江的减漕运动，核定地丁漕粮，编订《浙江减定浮收章程》，大大减轻了饱受战乱之苦的浙江农民的负担，稳定了当时的社会秩序。在两江总督任上，马新贻着手整顿盐政，并且最终确立了两淮盐法规制。他还积极投身河工，认为江南河务以修筑运堤最为重要，经过多番努力，运河东西两堤于彤郅八年六月竣工。自此以后，运河航道畅通无阻，两岸人民深获其利。刺杀案发生后，许多官员对马新贻被刺都深表哀痛和惋惜，纷纷奏请朝廷，要求严究主使，尽速惩办，并为他奏请恤典和建立专祠，同时对他的为人和仕途经历予以高度评价。继任浙江巡抚杨昌浚评价说：“新贻在浙江巡抚任内，正值地方新复，加意抚绥，办理善后事宜，诸臻妥协，并将海塘工程督修完固，民赖以安”。朝廷对马新贻的评价谕曰：“马新贻持躬清慎，办事公勤，由进士卽用知县，历任繁劇。显凤年间，随营剿贼，疊克坚城，自简任两江总督，於地方一切事宜，办理均臻妥协”。马新贻勤政廉洁，遇事变通，深谋远虑，择贤任能，恪守儒家道德规范，善于学习外来先进的技术，积极推动洋务事业的发展，堪称彤郅中兴名臣。
但这样一个大臣，在遇刺身亡后，不但没有个确切的说法，还给泼了一脑袋的脏水。
案发三天后，朝廷谕令江宁将军魁玉督同司道审理，又派漕运总督张之万会审。起初刺客只供姓名，不说缘由，直至“熬审”四个月后才有供词。供词大致说：刺客名张文祥，为河南河阳人。韶光二十九年贩卖毡帽至宁波，结识同乡罗法善，娶其女为妻，开小店为生。显凤十一年，长毛教匪席卷江浙，乃参军入李世贤部，转战东南数省。彤郅三年，李部败走，张逃回宁波，而其妻已改嫁吴炳燮。张无以为生，由做过海盗的龙启云资助仍开小店。彤郅五年正月，浙江巡抚马新贻至宁波，张递状控告吴炳燮霸占其妻，马以其妻自愿改嫁不准其状。张告之龙启云，龙言自己做海盗时曾遭马剿杀，故怂恿张刺杀马。彤郅八年，马升任两江总督，张同至南京，寻机刺杀，直至混进校场而得手。
这份供词是官方认可的定论，有犯人亲笔签字画押。但仔细推敲，显然理由不能服众。由于官方的公告对马新贻遇刺的原因说得过于简单而且语焉不详，所以民间对此事众说纷纭。最普遍的一种是马新贻“渔色负友”之说。此说构织了一个被民间津津乐道的桃色绯闻，塑造了一个侠肝义胆，为友复仇的刺客张文祥的形象，流传甚广，一些文人墨客也持这一观点，有人在书中这样描述：“初新贻为河南某城令，文祥与彭姓者，同为某贼魁攻其城，获新贻，欲杀之，新贻乞哀免。因劝令投诚，二人即与新贻缔盟结义，相约终身。彭为长，新贻次之，文祥又次之。已而新贻以二人功，渐升至监司，二人亦为参遊。先是彭有妻年少而美，新贻诱至署，私之。彭怒而语文祥。文祥曰：‘此汝妻乎？亦他人物耳。彼既同心，争而不义，不如逐之，吾与子遊可耳，此间岂可留哉？’彭不能决，文祥屡促之去，亦不应。一日新贻薦彭诣某公。彭忻然行，文祥愀然曰：‘殆矣。’往与之诀，己亦他去。未旬日，彭果以诛死闻。文祥哭之恸曰：‘不杀马非丈夫也。’因日炼药刃一，后新贻历任封疆，文祥尝伺其所至，不得间。一日，新贻往某庙行香，文祥伏案下，发刃不中，幸得遁。如是者三四次，至是卒手刃之。”
但这种说法却是破绽更多。一是如果张文祥与马新贻有这等兄弟关系，则随时随地都有机会刺杀，何必非要在校场动手呢？再说马新贻的弟弟马新佑自幼跟在马新贻的身边，直到马新贻被刺身亡。马新贻的事情他最清楚不过，如果马新贻因为“渔色负友”遭刺，那么他也应该接受朝廷最后为他哥哥保全面子的结案，而为何却至死坚称疑案未明，抱恨终古呢？马新贻的夫人金氏在马新贻遇刺身亡后即吞金自尽以殉，如果马新贻是个好色之徒，他的夫人怎能如此呢？
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