这下算是彻底的捅了马蜂窝，当然，他们也看到天启真的急了，天启现在也没有什么可诟病的，于是东林立刻发动他们天下正义化身，圣人喉舌的潜力，号召全天下士子讨伐阉党魏忠贤。这时候，不甘寂寞的魏大中看到了机会，寻死的自动跳出来了，在民间奔走呼号。
国子祭酒蔡毅中更率师生千余人堵塞了皇城办公区，请究魏忠贤罪。当时朝局为之震动，大明政府一时间陷入瘫痪，这下，性子就变了。
历史上，东林堵塞皇城半月，但这个时代，这个时候是什么时代什么时候？皇帝不再被架空，没有怠政正是雄心勃勃励精图治的时候，这是什么时候，是天下全力以赴抗旱救灾的时候，你们堵塞办公不要说半个月，就算一日，都可能造成西北动乱，那会死人的。
于是，在劝说无效的情况下，天启发难了，将以杨涟为首的六人下狱，罢官东林七十三人，受训诫惩处的近千人。但后来这些人却因为这次的战绩，在崇祯上位之后，都成了崇祯朝的大员，开创了君臣斗的作死局面。
后来所谓的六君子被一一刑讯逼供死在了狱中。在历史上，将六君子的死，都扣在了魏忠贤的脑袋上，但明眼人都知道，别说现在的魏忠贤，就是历史上这个时期的魏忠贤，在杨涟弹劾他的时候，还要哭泣着求天启饶命呢，他敢将名满天下的东林六君子，当时各个都是朝廷的命官的他们杀害吗？他有那个胆子吗？
实际告诉你，要是没有皇帝的命令，魏忠贤绝对不敢这么做的。
魏忠贤不管多么嚣张，他最终还是皇家的一条狗，要他咬谁他才敢咬谁，即便他权势熏天，崇祯上位，还不是一道诏书，就只能在一个小客栈里悬梁自尽。
但这一次，阉党想对东林穷追猛打还是没有实现。第一个是，皇上不允许将东林彻底的打垮，破坏他平衡朝局的思想，第二，在毛文龙的号召下，孤臣党站了出来，维护了三足鼎立的局面。
而最关键的是毛文龙写给魏忠贤的一封信，告诉他，不要再闹啦，再闹，对你五千岁大人的名声不好，是要被历史唾弃滴。为了显示你仁厚的大度，你就将那七十三个东林中坚圈禁在王恭厂的首善书院里，让他们反省吧。当然，我会捐一笔钱，扩大王恭厂首善书院的规模，让天下更多的东林有识之士去听他们的忏悔（鼓动）的。
“至于为什么，老魏，听我的，得永生。”
于是为了名声，为了给毛文龙的面子，也是为了得永生，魏忠贤将七十三个东林贤士幽禁在了王恭厂首善书院。如此，在东林看来，这是阉党心虚，这是东林不是胜利的胜利。于是，天下慕名贤士的士子纷纷赶奔王恭厂不断扩建的首善书院听取讲习，一时间最多时有天下贤士五千，真的是盛况空前。
如此，在朝堂上，东林的势力弱了，但在民间，东林的声望反倒更高，真正起到了舆论监督的作用，让阉党忌惮战战兢兢。
当魏忠贤看到这样的气势感觉自己即将有灭顶之灾的时候，天启六年五月初六，一阵毁灭半个北京城，死伤两万人的王恭厂大爆炸如期降临——这个世界安静啦。
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