查克拉具有非常奇特的性质，即便是在不少特殊能量中依旧非常奇特。
首先，查克拉具有如同真气内力一般较为低级能量的性质，都是取自人体，来源只有呼吸和进食，按理来说这种特殊能量，顶多让人开碑裂石，但在忍者世界中影级忍者都是自走核弹头。
其次，查克拉能够具有个人意志，一点查克拉可以形成分魂般的东西，是由于查克拉由身体能量和精神能量混合而成导致的性质，这也让查克拉比只从人体而来的内力更加玄妙，它取自人的灵魂与身体，一般来说只有生命层次达到四星级，才能拥有将个人意志附加到细胞和能量上的力量，但查克拉又是不走寻常道。
因而明明忍者都是些活不到一百岁的短命渣渣，偏偏又能发挥出四星五星传说级别的力量。
最后一点，查克拉天然拥有七种属性，地风水火雷阴阳，虽然由于忍者体质天赋不同显现出来的属性不同，但先天拥有属性就是最不可思议的一点！讲道理，仙侠世界最开始的灵力都是无属性的，除非天赋异禀，否则只能通过专业心法开发出自身灵力的属性！
对于人类来说，查克拉太过高端，大部分忍者都是使用着结印释放忍术的方式，通过这种手段引导出查克拉的属性力量，高端一点的则是研究查克拉的性质变化，做到随心而动，将查克拉直接转化为各种属性的查克拉而不需要结印，最高端的就是将多种查克拉性质开发之后混合形成更高的性质，也就是一些遁术类的血继限界了。
开发特殊能量的性质而非随着自身进步，逐步打磨特殊能量，这完全是挑战正常修炼，但偏偏忍者都是在修炼，简直就像是明明只有强化血脉才能前进，忍者偏偏想要修仙……
通过大量对忍术和查克拉的研究，加上六道仙人半懂不懂的语言，青行灯推导出了一切——大部分事情都有逻辑可言，之所以认为毫无逻辑，只是由于眼界和认知不足。
查克拉不是一种人类只要修炼就可以开发出的力量，它来源于一个传说生命乃至传说物种，是随着其诞生而从血脉中诞生的特殊能量，就如同苏渊的帝力，艾斯德斯的魔力，赤瞳的鬼气。
因此，查克拉本质上是一种高端且伴随血脉而生，由精神能量与身体能量混合的特殊能量，而它伴随大筒木一族而生，天生拥有七种属性，随着开发血脉而显现，终极形态就是七种属性融合一体形成的求道玉。
这份力量，本不属于这个世界的人类，从忍者和普通人的社会就可以看出来，普通人中已经有了电视，甚至有部分导弹之类的科技造物，但由于查克拉的存在，忍者才是廉价而强大的战争力量，由此形成了国家与忍村的社会文明形态。
查克拉来源于大筒木羽衣，也就是六道仙人，作为由大筒木辉夜创造，具有纯正大筒木一族血脉的六道仙人，为了实现和平，将与生俱来的查克拉分享给了人类，为部分人类在血脉中种下查克拉的种子，这些人类以及他自己与人类留下的后代，就具有了修炼查克拉的能力。
结果，查克拉在演变中，有了结印、有了忍术，同时查克拉也在血脉传承中衰变，因为人类的血脉不可能与大筒木一族的血脉相同，因此有的忍者天生就有查克拉属性的显现，也就是血继限界，有的忍者要开发自己的查克拉属性，将其刻在血脉中传承下去，也成了血继限界。
正因为如此，这个世界上凡是忍者，往上追根溯源，要么是大筒木一族血脉的分支，要么是当年六道仙人为其开启查克拉修炼的一群人。
再从大筒木羽衣和大筒木羽村兄弟向上追溯，查克拉的来源就是查克拉之祖——吃掉神树果实后的大筒木辉夜。
查克拉真正意义上不属于人类，因此青行灯开发出的，人类能够自主修炼的查克拉修炼法，无法被那些血脉传承中能够修炼查克拉的人所修炼，只有那些无法修炼查克拉的人才能够通过这种方式获得力量。
经过青行灯合理的推断，基本上可以确定整件事情的因果关系。
大筒木一族拥有神树，他们将神树通过不知名的手段种植到了这个星球上，当时人类还处于封建社会，分裂成多个国家攻伐（在那个时代，几百几千号人就可以说是一个国家了）。
为了防止野生动物（对天生就是传说生命的种族来说，当时的人类文明的确算野生生物了）破坏种下的神树，或者爬上神树吃掉果子，大筒木一族派遣了一个保险锁，也就是大筒木辉夜。
虽然实力还没有达到传说级别，但天生传说生命的底子以及天生拥有的查克拉，足以保证大筒木辉夜的安全和神树的安全，不过大筒木一族没有想到的是，大筒木辉夜与人类交流，喜欢上了这些智慧生物，然后又因为人类间从未消弭的战争而厌恶人类，其中的故事不详，也许是人类利用大筒木辉夜的力量，也许是其他因素。
大筒木辉夜违反了规定，直接食用了神树的果实，神树果实的力量大大加强了大筒木辉夜的力量，让其以一己之力统治了人类，但是因为违反规定，大筒木辉夜害怕了，也许对于人类来说她的力量很强，但她明白自己的族人们更强，于是她控制神树制造士兵，准备应对不知多久后会到来，收割果实的族人。
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